Pawlikowski sinh ra ở Warszawa, Ba Lan, có bố là bác sĩ và mẹ là một vũ công ba lê trước khi trở thành giáo sư văn học Anh tại Đại học Warszawa.[1] Thuở niên thiếu, ông được biết rằng bà nội của mình là người Do Thái và đã bỏ mạng trong trại Auschwitz.[2][3] Năm 14 tuổi, ông rời Ba Lan dưới chế độ cộng sản và theo mẹ đến Luân Đôn. Một năm sau, ông chuyển đến Đức, trước khi định cư tại Anh vào năm 1977. Ông theo học ngành văn học và triết học tại Đại học Oxford.[4]